catatanku


Pengelompokan mahluk hidup (biosistematika) dilakukan atas dasar dengan memiliki ciri-ciri / keunikan yang sama. Misalnya, kucing dikelompokan bersama kucing, yang disebut sebagai spesies kucing. Lalu, kelompok kucing ini dikelompokan lagi bersama dengan kelompok anjing dan kelompok beruang yang kemudian disebut sebagai ordo caniformia, atau kelompok hewan pemakan daging. Proses pengelompokan ini disebut sebagai “klasifikasi”. Sedangkan hubungan filogenetik/kekerabatan adalah hubungan antara suatu mahluk hidup dengan orang-tuanya, seperti hubungan silsilah. Jika dirunut silsilah hingga ke masa silam, dapat dicapai nenek-moyang suatu mahluk hidup. Jika terus dirunut sedemikian jauh ke masa silam, mungkin bisa merunut seluruh mahluk hidup/kelompok besar mahluk hidup (seperti berbagai jenis hewan), dan mencapai/menginferensi nenek moyangnya. Hubungan antara klasifikasi dan filogenetik akan dijelaskan dibawah.
Pengklasifikasian mahluk hidup umumnya menggunakan beberapa parameter yang dijadikan sebagai “penanda” kemiripan anggota dalam kelompok tersebut. Penanda tersebut umumnya berupa ciri-ciri yang dapat dilihat dari luar, meliputi bentuk tubuh/morfologi, fisiologi, tingkah laku, habitat, dan lain-lain. Contohnya, dalam kelompok kucing kita melihat adanya taring, kuku yang bisa ditarik masuk, suara mengeong, dan sebagainya.
Dalam biologi kontemporer, seringkali untaian DNA juga dipakai sebagai penanda pengklasifikasian. Dalam setiap mahluk hidup pasti terdapat DNA, yang merupakan zat pembawa keturunan. Karena setiap mahluk hidup itu berasal dari nenek-moyang yang sama, seringkali banyak dijumpai gen yang sama pada mahluk yang berbeda. Misalnya, gen pax6 ditemukan pada lalat, tikus, dan manusia, dan bahkan mempunyai fungsi yang sama dalam pembentukan mata. Walaupun nenek-moyangnya sama dan gen yang sama digunakan, akan tetapi karena waktu berevolusinya sudah sangat lama/terpisah jauh, tetap saja akan terdapat mutasi-mutasi dalam gen tersebut (khususnya pada bagian yang tidak krusial) yang menyebabkan untaian DNA-nya berbeda. Perbandingan gen-gen inilah yang digunakan sebagai penanda dalam pengklasifikasian mahluk hidup metode pengklasifikasian makhluk hidup dengan menggunakan penanda untaian DNA disebut marker molekuler.
Contoh 1:
Pada contoh 1, dapat dilihat bahwa untaian DNA yang dimiliki oleh mahluk A dan D lebih dekat daripada mahluk B dan C. Dengan dasar itu, hewan A dan D mengklasifikasikan makhluk A dan D dalam satu kelompok, serta makhluk B dan C dalam satu kelompok. Walaupun anggota dalam satu kelompok (misalnya A dan D) memiliki perbedaan di beberapa asam nukleat (untuk A dan D: misalnya pada kolom ke 5, atau untuk B dan C, pada kolom 5, 22, 25), namun sebagian besar dari untaian asam nukleat yang dikandungnya mirip, sehingga dapat dikelompokan dalam suatu kelompok yang sama. Dari pengelompokan ini, berdasarkan jumlah kemiripan dan perbedaan asam nukleat dalam untaian DNA yang kita bandingkan, dapat diinferensi hubungan kekerabatan/filogeni dari mahluk-mahluk yang diperbandingkan.
Contoh 2:
Pada contoh 2, dari jumlah perubahan asam nukleat (komponen/mata rantai untaian DNA) yang terjadi, dapat diinferensi jika mahluk B dan C berhubungan kekerabatan lebih dekat dibandingkan dengan A. Maka dapat diperkirakan bahwa hubungan filogenetiknya adalah sebagai berikut:
Dari diagram hubungan filogenetik/kekerabatan (filogeni) di atas, dapat dijelaskan bahwa:
  1. E, F, dan G berasal dari satu nenek-moyang (yang mungkin sudah punah), yaitu X
  2. F dan G berasal dari satu nenek-moyang, Y
  3. Nenek moyang E lebih dulu “berpisah” dari X dan Y, dan berevolusi menjadi satu kelompok tersendiri
  4. Secara klasifikasi, kita dapat mengatakan bahwa F-G berada dalam satu kelompok klasifikasi, dan E merupakan kelompok terpisah.
Jika digunakan lebih banyak sampel dalam analisis filogenetik (misalnya, hewan dalam Contoh 1 dan Contoh 2), akan didapatkan sebuah “pohon” filogenetik seperti berikut:
 
Dari hasil ini kita dapat menginferensi, pengelompokan mahluk hidup/hubungan kekerabatan yang seperti berikut:
  1. Ada dua kelompok besar, yaitu kelompok I yang terdiri dari E, F, dan G (latar belakang merah) dan kelompok II yang terdiri dari A, B, C, dan D (latar belakang biru).
  2. Dalam kelompok I, F dan G berkerabat dekat (hubungan “sister relationship”). E adalah kerabat dekat dari kelompok F+G.
  3. Kelompok II terbagi lagi menjadi 2 kelompok, yaitu A+D dan B+C.
  4. Kelompok I berasal dari satu nenek-moyang “putatif” (X), dan kelompok II berasal dari (Y)
  5. X dan Y berasal dari satu nenek moyang awal (O)
Dari contoh-contoh di atas, dapat dilihat bahwa hubungan kekerabatan/hubungan filogenetik dapat memberikan “dasar” klasifikasi mahluk hidup yang lebih tepat. Makhluk hidup dikelompokkan sama memiliki kemiripan baik secara genetik (lewat DNA dan penanda molekuler lainnya) maupun secara morfologis. Pengklasifikasian mahluk hidup yang disesuaikan dengan hubungan filogenetik ini disebut sebagai “klasifikasi natural”. Klasifikasi ini sebagai mana klasifikasi artifisial yang umumnya bersifat anthropocentric dikenal sebagai bidang ilmu Kladistika atau Sistematika.
Hubungan filogenetik menunjukan hubungan kekerabatan, dan hubungan kekerabatan menunjukan pula hubungan evolusi. Oleh karena itu, pengklasifikasian yang berdasarkan hubungan filogenetik ini lazim dianggap lebih tepat, karena dapat menjelaskan evolusi berbagai karakter, sifat, dan ciri-ciri suatu mahluk hidup. Di samping itu, dapat menunjukkan “kedekatan” suatu mahluk hidup yang satu dengan lainnya sesuai dengan hubungannya di alam.
Hubungan kekerabatan yang diinferensi dari penanda molekuler, ataupun gabungan antara penanda molekuler dan ciri-ciri morfologis dianggap jauh lebih tepat dan lebih “natural” dibandingkan dengan yang diinferensi hanya dari sifat-sifat morfologis dan kasat-mata lainnya. Umumnya para ilmuwan menamakan hubungan kekerabatan lewat sifat morfologis sebagai “pola pandang tradisional”.
BIOSISTEMATIKA

 Tujuan
Taksonomi Linnaeus
- Pengklasifikasian makhluk hidup berdasarkan tiga kerajaan besar, yang selanjutnya dibagi lagi menjadi kelas dan ordo. Ordo kemudian dibagi lagi menjadi genus dan selanjutnya spesies. Ia mengelompokkan makhluk hidup berdasarkan pada kesamaan struktur. Ia juga mengenalkan pada system tata nama makhluk hidup yang dikenal dengan binomial nomenklatur.

 Taksonomi Filogenetik
- Pengklasifikasian makhluk hidup berdasarkan jauh dekatnya kekerabatan antara takson yang satu dengan yang lainnya. Selain mencerminkan persamaan dan perbedaan sifat morfologi dan anatomi maupun fisiologinya, sistem ini pun menjelaskan mengapa makhluk hidup semuanya memiliki kesamaan molekul dan bio kimia, tetapi berbeda-beda dalam bentuk susunan dan fungsinya pada setiap makhluk hidup.

 Asumsi
Taksonomi Linnaeus
- Beberapa spesies atau jenis yang berkerabat dekat dapat dikelompokkan di dalam takson Familia (suku). Familia yang berkerabat dekat membentuk Ordo (bangsa), dan Ordo-ordo yang berkerabat dekat dikelompokkan ke dalan Classis (kelas). Kelas-kelas yang berkerabat dikelompokkan ke dalam Phylum (Filum) untuk hewan, pada tumbuhan disebut Divisio atau Divisi. Semua Filum dan atau Divisi yang berkerabat membentuk Kingdom atau kerajaan. Dengan cara demikian maka terbentuklah tingkatan klasifikasi atau tingkatan takson. Semakin tinggi kedudukan suatu takson maka semakin sedikit persamaan ciri tetapi semakin banyak jumlah anggotanya. Sebaliknya, semakin rendah kedudukan takson, semakin banyak persamaan ciri, tetapi jumlah anggotanya sedikit.
Taksonomi Filogenetik
- Pengelompokan spesies atau jenis baru dengan cara analisis molekuler dan morfologi. Jadi pada dasarnya, klasifikasi sistem filogenetik disusun berdasarkan persamaan fenotip yang mengacu pada sifat-sifat bentuk luar, faal, tingkah laku yang dapat diamati, dan pewarisan keturunan yang mengacu pada hubungan evolusioner sejak jenis nenek moyang hingga cabang-cabang keturunannya.

 Data/informasi Baru
Taksonomi Linnaeus
- Contohnya: Spesies kucing (Felis domestica) dan
Spesies harimau (Felis tigris)
Taksonomi Filogenetik
- Kelompok hewan reptilia, amphibia, unggas, dan mamalia

 Hirarki Taksonomi
Taksonomi Linnaeus

 Klasifikasi Kucing :
Kingdom : Animalia
Phylum : Chordata
Kelas : Mammalia
Ordo : Carnivora
Familia : Felidae
Genus : Felis
Spesies : Felis catus

 Taksonomi Filogenetik
Tata Nama
Taksonomi Linnaeus
- Binomial nomenclature
Tata nama binomial (binomial berarti 'dua nama') merupakan aturan penamaan baku bagi semua organisme (makhluk hidup) yang terdiri dari dua kata dari sistem taksonomi (biologi), dengan mengambil nama genus dan nama spesies. Nama yang dipakai adalah nama baku yang diberikan dalam bahasa Latin atau bahasa lain yang dilatinkan. Aturan ini pada awalnya diterapkan untuk fungi, tumbuhan dan hewan oleh penyusunnya (Carolus Linnaeus), namun kemudian segera diterapkan untuk bakteri pula. Sebutan yang disepakati untuk nama ini adalah 'nama ilmiah' (scientific name)
Taksonomi Filogenetik
- Taksonomi numerik
suatu pendekatan umum untuk penggolongan / taksonomi phenetic, yang mempekerjakan beberapa karakteristik fenotipik untuk menghasilkan koefisien kesamaan yang dapat dipetakan dalam dendrograms. Pengelompokan berdasarkan penggolongan / taksonomi numerik mungkin atau mungkin tidak berkorelasi dengan hubungan evolusi.
Metode
Taksonomi Linnaeus
- Urutan klasifikasi makhluk hidup dari tingkat tertinggi ke terendah (kepastian terakhir) adalah Domain, Kingdom(kerajaan), Phylum atau Filum (hewan)/Divisio (tumbuhan), Classis (Kelas), Ordo (Bangsa), Famili (Suku), Genus (Marga), dan Spesies (Jenis).
Taksonomi Filogenetik
- Filogenetik pemisahan ke dalam hubungan evolusioner (clades), berdasarkan perbandingan genom kemungkinan akan menggantikan phenotypical (phenetic) taksonomi dari prokariota.
- Phenetic sistem: pengelompokan organisme berdasarkan kesamaan saling fenotipik (fisik dan kimia) karakteristik. Phenetic groupings may or may not correlate with evolutionary relationships. pengelompokan Phenetic mungkin atau mungkin tidak berkorelasi dengan hubungan evolusi.
- Filogenetik sistem: kelompok organisme didasarkan pada kesamaan warisan evolusi. DNA and RNA sequencing techniques are considered to give the most meaningful phylogenies. Teknik sekuensing DNA dan RNA dianggap memberikan filogeni paling berarti.

Comments

Post a Comment

Mau baca yang ini gak?